根据《中共凉山州委、凉山州人民政府关于印发〈木里藏族自治县人民政府机构改革方案〉的通知》（凉委发〔2010〕93号）和《中共木里县委办公室、木里县人民政府办公室关于印发〈木里县人民政府机构改革实施意见〉的通知》（木委办〔2011〕6号），设立木里藏族自治县审计局（简称县审计局），为县政府工作部门。
一、职责调整
（一）增加组织协调对社会审计机构出具的属于审计机关审计监督对象的单位的相关审计报告核查工作的职责。
（二）加强对经济责任、关系国计民生的资源能源、环境保护、政府投资和社会保障资金、民族地区社会事业发展专项资金、境内外捐赠性资金使用效益的审计职责。
二、主要职责
（一）贯彻执行国家有关审计工作的法律、法规和方针政策，维护财经法纪。
（二）负责全县审计工作，制定审计工作有关业务规章制度，确定工作重点，组织全县行业审计和专项资金审计。
（三）向县委、县人民政府、县级有关部门通报审计情况，提出完善有关政策法规，宏观调控措施的建议。
（四）审计下列事项，出具审计报告，在法定职权范围内做出审计决定或向有关主管机关提出处理处罚的建议：
1．对县级财政预算和其他财政收支的情况和预算的执行情况、决算和其他财政收支情况进行审计监督。
2．使用县级财政资金的事业单位及直属单位和社会团体的财务收支。　　
3．县政府投资和以县政府投资为主的建设项目预算执行情况和决算。
4．民族地区社会事业发展专项资金的财务收支。
5．县属国有企业和地方金融机构、县属国有资本占控股或主导地位的企业和金融机构的资产、负债和损益。
6．县政府部门以及其他单位受县政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支。
7．国际组织和外国政府在县援助、贷款项目的财务收支。
8．法律、行政法规和地方性法规、政府规章规定应由县审计局审计的其他事项。
9．接受上级审计机关授权或委托项目的审计。
10．对天然林保护工程资金、退耕还林工程资金、环保资金、民生工程资金、国债转贷项目工程资金进行专项审计。
（五）负责县财政收支有关的特定事项开展专项审计调查，并向县政府和州审计局报告审计调查结果；受县人民政府委托向县人大常委会提出县级预算执行情况和其他财政收支审计工作报告及审计结果落实情况报告。
（六）按规定对县级以下党政领导干部及依法属县审计局审计监督的其他单位主要负责人实施经济责任审计。
（七）完成其它法律法规规定的应当进行审计监督的审计事项。
（八）组织编制审计工作中长期计划，严格执行审计政策法规，受理审计应诉事项。
（九）负责指导和监督内部审计机构的工作。
（十）指导和监督社会审计机构的工作。对审计、专项审计调查和核查社会审计机构相关审计报告的结果承担责任并负有督促被审计单位整改的责任。
（十一）组织开展审计专业知识学习和各种交流活动，指导和推广信息技术在审计领域的应用，组织建设本单位审计信息系统。
（十二）承办县政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，木里藏族自治县审计局设5个内设机构：
（一）办公室。
负责处理局机关日常事务工作，起草全局性的综合文件和报告；负责局机关文秘、档案、机要、保密、保卫、信访接待、目标管理等工作；负责行文核稿质量把关工作；负责局机关其他行政管理和后期保障工作；负责全县审计业务统计、信息和计划生育工作；组织开展审计宣传、调查研究工作和协调、联络工作。负责对机关信息化建设工作的指导和管理。
（二）行政事业及专项资金审计股。
负责全县所有行政事业单位的财政财务收支审计；对预算外资金多、罚没收入多、专项资金多的行政事业单位进行专项资金审计或审计调查；负责全县乡（镇）财政决算和县级预算执行情况审计；负责对县人民政府管理的社会保障资金筹集、管理、使用及救灾救济、优抚安置、社会捐赠、移民扶贫开发、天保、退耕还林等专项资金开展专项审计和审计调查。
（三）企业及投资审计股。
负责县级国有企业审计；接受上级审计机关授权或委托对驻县的中央、省、州属企业的审计；接受县政府交办对其它企业和国有资产占主导地位的控股企业审计；开展行业审计调查，对辖区内施工企业和房地产企业的资产、负债、损益进行审计；负责对县级金融机构的审计监督事项，接受上级审计机关授权对各专业银行、保险公司进行审计；促进和维护国有资产的保值增值；对全县重点项目的预算执行情况和决算进行审计，开展专项审计和审计调查。
（四）经济责任审计股。
组织实施对县级以下党政领导干部任期经济责任审计和国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计，并向委托机关出具审计结果报告。
（五）政策法规股。
组织宣传贯彻执行审计工作的法律、法规、行政规章、审计准则和指南以及相关规章制度等；实施对局机关业务股室审计行政执法及业务质量的检查工作；负责局机关审计项目的复核工作；受理审计行政复议和应诉案件；组织实施局机关的法制建设及日常工作，及时制定审计法制工作计划；协同相关部门开展审计整改、落实情况的执法检查，指导和监督部门、企事业单位内部审计工作。