根据《中共凉山州委、凉山州人民政府关于印发〈木里藏族自治县人民政府机构改革方案〉的通知》（凉委发〔2010〕93号）和《中共木里县委办公室、木里县人民政府办公室关于印发〈木里县人民政府机构改革实施意见〉的通知》（木委办〔2011〕6号），设立木里藏族自治县水务局（简称县水务局），为县政府工作部门。
一、职责调整
(一)取消已由州、县政府公布取消的行政审批事项。
(二)加强水资源的节约、保护和合理配置，保障城乡供水安全，促进水资源可持续利用。
(三)加强防汛抗旱工作，减轻水旱灾害损失。
(四)加强对水利建设工程项目的招投标活动的监督管理。
二、主要职责
?(一)贯彻执行国家有关水行政管理工作的方针、政策和法律、法规；负责起草有关水行政管理工作的规范性文件并监督实施;负责保障水资源的合理开发利用,拟定水利发展规划和政策；组织编制全县重要江河湖泊的流域综合规划、防洪等水利规划；按规定制定水利工程建设有关制度并组织实施；负责提出水利水电固定资产投资建议，按规定权限审批、核准相关固定资产投资项目；提出县级水利水电建设投资安排建议并组织实施。
(二)负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。实施水资源的统一监督管理，拟定全县和跨县中长期供水规划、水量分配方案并监督实施，组织开展水资源调查评价工作；负责重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度；组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证、行洪论证。
(三)负责水资源保护工作；组织编制水资源保护和水源地保护规划；组织拟定重要江河湖泊的水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力；提出限制排污总量建议，指导饮用水水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。
(四)负责防治水旱灾害；承担县政府防汛抗旱指挥部的具体工作；组织、协调、监督、指挥全县防汛抗旱工作，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；编制全县防汛抗旱应急预案并组织实施，指导水利突发公共事件应急管理工作。
(五)负责节约用水工作；拟定全县节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准；组织指导和监督计划用水、节约用水，指导和推动节水型社会建设工作。、
(六)负责指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护。指导全县重要江河、湖泊、水库、滩涂的治理和开发；组织编制、审查小型水利基本建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计，初审转报大中型水利基本建设项目初步设计，开展水利工程质量监督管理；指导水利工程建设与运行管理；组织实施具有控制性或跨县市流域的重要水利工程建设与运行管理；负责河道采砂的统一的监督管理工作；承担水利统计工作。
(七)负责水土流失的防治工作。组织指导水土保持规划并监督实施，组织实施全县水土流失的综合防治，组织指导全县水土流失动态监测工作；负责有关重大项目水土保持方案的审核，监督实施及水土保持设施的验收工作，指导重点水土保持建设项目的实施。
(八)指导农村水利工作。组织、协调、指导并监督农田水利基本建设、农村饮水安全、节水灌溉、牧区水利等工程建设与管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设。按规定指导农村水能资源开发工作；组织实施全县地方电力管理工作，指导水利行业地方电站、电网管理，指导农村电气化建设和小水电代燃料工作。
(九)负责涉水违法事件的查处、调解、裁决跨县水事纠纷。指导水政监察和水行政执法；负责水行政规费征收；负责水利建设工程项目的招投标活动的监督执法。负责水电行业安全生产工作，组织、指导水库大坝、水电站大坝等水利工程的安全监督管理；组织实施水利工程建设的监督、指导水利建设市场的监督管理。
(十)负责开展水利科技和对外合作与交流。组织水利科技项目研究，新技术引进、推广和管理工作。
(十一)负责编制部门预决算。承担县级水利资金和水利国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议。
(十二)负责全县水利工程的管理，并对投资项目实施监督。
(十三)负责水产渔政工作。负责全县渔业资源保护工作；负责全县渔业生产，指导水产品加工、流通和市场建设；负责水产品质量安全管理和水生动物的防疫、境内检疫工作以及渔药、渔饲料使用环节的监督检查；负责水生生物自然保护区和水产种殖资源保护区管理；实施渔业环境监测，牵头查处渔业污染事故，调解、裁决渔业纠纷和处理渔政案件；负责渔业船舶检验和渔业船的安全生产的监督。
(十四) 承担州、县政府公布的行政审批事项。
(十五)承办县政府和上级管理部门交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，木里藏族自治县水务局设1个内设机构：
(一)综合办公室（挂行政审批股牌子）
负责对各主要工作职责进行综合协调。组织落实各项具体业务工作、协调局机关日常工作和目标管理工作；承办文秘档案、政务信息、保密保卫、信访维稳工作；协调指导全县水利行业劳动生产安全；组织办理人大、政协有关建议批评、意见和提案；负责重大会议和重要接待工作；组织编写县水务志和行业大事记；负责局机关内部规章制度建设和机关后勤管理工作；负责编制水务系统建设项目及财务预决算，提出财政水务专项资金的预算建议，审核重大水务建设项目，监督水务专项资金的使用，提出水务固定资产投资规模和投资方向的建议，编制水务年度生产投资计划，负责水务信息统计和局机关的资金管理工作，指导全县水务的生态建设机制的实施，指导全县水务产业发展，监督指导下属单位的财务工作及资金审计；负责局机关离退休人员管理工作,会同有关部门组织水利行业人员的培训、职称评定、负责水利体制改革的有关工作；负责受理和办理县人民政府公布的涉及本部门的行政审批事项和公共服务事项。按照本部门的授权对县级行政审批事项进行审批(核准、备案)；对需要上级审批的行政审批事项审核、转报;对需要进行专家论证、部门会审等行政审批事项进行组织、协调;对本部门在政务服务中心的窗口和工作人员进行管理、完成本部门和政务中心交办的相关工作。