根据《中共凉山州委、凉山州人民政府关于印发〈木里藏族自治县人民政府机构改革方案〉的通知》（凉委发〔2010〕93号）和《中共木里县委办公室、木里县人民政府办公室关于印发〈木里县人民政府机构改革实施意见〉的通知》（木委办〔2011〕6号），设立木里藏族自治县环境保护局（简称县环保局），为县政府工作部门。
一、职责调整
（一）将原木里藏族自治县规划建设和环境保护局承担的环境保护职责划入县环境保护局。
（二）取消已由州、县政府公布取消的行政审批事项。
（三）加强环境政策、规划和重大问题的统筹协调职责。
（四）加强环境治理、环境监管和生态保护的指导、协调、监督职责。
（五）、加强组织开展主要污染物排放总量控制，落实减排目标工作职责。
二、主要职责
（一）负责贯彻执行国家、省环境保护的方针、政策和法律、法规；贯彻执行国家、省颁布的大气、水体、土壤、噪声、辐射、固体废物、有毒化学品及机动车等污染防治法律和规章。
（二）受县政府委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划的环境影响开展评价；组织拟定和监督实施重点区域污染防治规划和生态保护规划。
（三）监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、森林公园的环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护、土地荒漠化防治工作；向县政府提出新建各类国家级、省级、州级自然保护区审查建议；监督管理政府授权的综合类型或者特殊类型的自然保护区。
（四）监督执行国家、省颁布的各类环境质量标准和污染物排放标准；审核城市总体规划中的环境保护内容，参与编制全县可持续发展纲要。
（五）指导、协调全县辖区内各地方、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；处理重大环境污染事故和生态破坏事件；归口管理全县环境监察、排污收费和环境保护行政稽查工作；组织开展全县环境保护执法监察活动。
（六）审定县管和州、省委托的开发建设活动环境影响报告书（表）；参与环境保护基础设施建设的管理；指导全县城乡环境综合整治；牵头全县农村环境保护工作；指导全县生态示范区建设和生态农业建设；负责全县环境保护目标责任制考核工作。
（七）负责全县环境监测、统计、信息工作；制定全县环境监测制度和管理规范；建设和管理全县环境监测网和环境信息；组织全县环境质量和污染源监督性监测；掌握环境状况和发展趋势，汇同有关部门制定环境保护系统队伍建设、业务建设和精神文明建设工作，组织全县环境保护系统在职人员培训和继续教育工作。
（八）负责全县环境保护宣传教育工作；推动公众和非政府组织参与环境保护；普及环境科学和环境法律知识；会同县级有关部门在大、中、小学和成人教育中开展环境教育和社会环境宣传教育。
（九）承担州、县政府公布的有关行政审批事项。
（十）承办县政府和上级部门交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，木里藏族自治县环境保护局设2个内设机构：
（一）办公室（挂行政审批股牌子）
协助领导处理日常政务工作；负责文秘、会务安排、对外接待、文书处理、信访、保密、培训、安全保卫、机关财务、办公用品、国有资产管理；负责档案管理、机构编制、人事工资和离退休人员管理工作；负责机关车辆管理、精神文明建设、社会治安综合治理、单位附属绿地绿化、局内党建、自管房维修、公共设施管理和计划生育等后勤事务；办理人大、政协议案、提案；编制年度财务计划、经济信息和经济资料统计分析，编写木里县环境保护年鉴材料；负责环境保护系统行政管理体制和规范化建设；负责离退休干部职工的房屋和管理工作；负责环境保护目标责任制检查考核和党政一把手环境保护目标责任制考核的组织工作；负责州、县政府公布的行政审批事项和公共服务事项，进驻政务大厅事宜；组织编制全县环境保护资金年度计划，管理县环境保护补助资金、污染专项资金，编制全县环境保护中长期规划和年度计划；负责重大环境污染事故和环境污染纠纷情况通报、联络工作；组织环境保护行政处罚、行政复议和应诉工作；负责规划、建设项目环境影响评价、环境保护“三同时”等法律、法规、规章和制度；负责县管和州委托的规划和建设项目、自然生态项目环境影响报告（表）的审查审批，并实施监督检查和验收；负责城市生活污水、城镇生活垃圾处理等城市环保基础设施项目初设方案的初审，并监督实施；调查处理县内建设项目施工、试生产中发生的重大环境污染事故和纠纷；参与项目建设和选址论证等项工作；拟定和组织实施全县环境保护宣传教育规划和年度计划，组织协调全县各界开展环境保护宣传教育活动，普及环境保护科学和环保法律知识；负责全县环境信息及其联络、宣传工作；负责督查督办和情况收集工作，督促各股、室、站、大队完成局务会、局长和分管局长交办的具体工作；完成领导和上级部门交办的其它工作。
（二）污染防治股
负责实施国家和省、州有关工业污染防治、城市环境综合治理、排污收费的政策、法规、规章和技术标准；负责组织实施大气、水体、噪声、固体废物、有害化学品以及机动车污染防治的法律、法规、规章和技术标准；负责实施国家、省环境保护科学技术政策、环保产业政策、法规和标准；参与编制、实施产业发展以及资源节约和综合利用的规划、年度计划；组织环境科技攻关，组织申报重大环境保护课题，管理环境科技成果并指导其推广应用；指导环境保护新技术、新工艺的引进工作；指导环保设备质量监督和环境标志管理工作；指导、协调全县环保产业的发展，指导全县环境监测管理；负责全县环境统计和污染源普查工作；负责实施排污申报登记、排污许可证、进口固体废物许可证、环境污染治理资质认证、机动车排污检测证、污染源限期治理和达标排放、危险废物经营许可、有毒化学品进出口登记、行政代执行等环境管理制度；组织编制环境功能区划；组织拟定和监督实施重点流域、重点区域污染防治规划；负责城市环境综合整治定量考核；负责核与辐射的监管；负责重大以及跨地区环境污染事故和生态破坏事件的调查处理；组织编制并实施主要污染物总量控制计划；负责测算并确定全县重点区域、流域的环境容量；参与研究并组织实施污染物总量减排的环境经济政策；负责审核涉及增加排放总量新上项目的总量指标；负责编制并发布环境统计年报和统计报告；承担县主要污染物减排工作领导小组办公室的具体工作。拟定生态保护规划，负责评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、森林公园的环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护工作、土地荒漠化防治工作；提出新建各类国家级、省级、州级自然保护区初审查建议；组织编制并实施农村污染防治规划；组织协调农村和农业面源污染防治工作，监督管理农村集中式饮用水源保护区、小流域和湖库污染、村镇生活污染、养殖污染、土壤污染防治等工作；指导有机食品发展、生态示范创建与生态农业建设；承担生态县建设领导小组办公室的具体工作，指导生态乡镇、生态村等农村生态建设示范区创建工作；负责组织拟定全县重特大突发环境事件和生态破坏事件应急预案并监督实施；承担全县突发环境事件应急指挥部办公室的具体工作。